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sobtop和Multiwfn联合使用教程
使用 Multiwfn 和 Sobtop 生成 GROMACS 文件的教程 本教程介绍如何使用 Multiwfn 结合 ORCA 软件进行 RESP2 分子电荷分配，并使用 Sobtop 生成 GROMACS 所需的一整套文件。我们将介绍如何自动化批量计算处理，以及如何选择溶剂等内容。 1. 使用
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Open Babel 使用教程
Open Babel 简介与教程 Open Babel 是一个开源的化学工具箱，广泛用于化学信息学中进行文件格式转换和分子操作。它支持多种化学文件格式，可以帮助研究人员在不同软件之间自由转换数据格式。本文将为您提供如何安装和使用 Open Babel 的基本教程。 1. 安装 Open Babel
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GROMACS学习总结
GROMACS 学习总结 GROMACS 简单运行过程及常用命令 1. 系统预处理 gmx grompp -f prod.mdp -c eq.gro -p mix.top -o prod.tpr -maxwarn 2
grompp 是预处理命令，用于将分子动力学参数文件（.mdp）、初始结构文件（
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LAMMPS与GROMACS特点及优劣势对比
LAMMPS与GROMACS特点及优劣势对比 LAMMPS和GROMACS都是重要的分子动力学模拟的软件，其中GROMACS软件是现在市场上使用最广泛的分子动力学模拟软件，无论是社区还是功能都要强很多。但是LAMMPS作为材料领域最强的软件，有很多GROMACS无法实现的事情，两者结合基本可以实现分
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COMPASS力场在Lammps中的使用方法
COMPASS 力场在lammps中的使用方法 COMPASS力场介绍 COMPASS力场是MS的内部力场，参数并没有开源。是根据PCFF力场基础上开发的，是II型力场，有多体势。普适性比较强。但因为没有开源，所以很多的具体数值没有，所以不建议使用在Lammps上。 Lammps的形式如下： bon
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在LAMMPS中处理不同力场要求的special_bond参数不一致方法
在使用LAMMPS模拟包含多种分子的体系时，常常需要对不同分子采用不同的力场参数。然而在这种情况下，可能会遇到一个问题：有些分子要求`special_bond`设置为`0 0 0`（即1-2、1-3、1-4等相互作用完全消除），而其他分子则可能不需要如此设置。这篇博客介绍一种通过引入假键来解决该问题